Tanto él como Hashirama, fueron revividos por Orochimaru, usando la Técnica de la Reencarnación del Mundo Impuro, para luchar contra su antiguo alumno y sucesor Hiruzen Sarutobi, durante la invasión de Konoha. Si bien al principio estaba plenamente consciente de lo que estaba pasando, se entristece porque tendría que luchar contra su antiguo alumno, hasta que Orochimaru usa un jutsu, el cual les suprime la conciencia y les hace recuperar el aspecto que tenían, antes de sus respectivas muertes. Hiruzen utiliza su técnica Elemento Fuego: Bomba Dragón de Fuego, muy poderosa, que fue contrarrestada fácilmente por Tobirama con su Elemento Agua: Muro de Agua. Durante la batalla, demostró un gran trabajo en equipo con su hermano, lo que obligó a Hiruzen a convocar a Enma Enkōō, sin embargo, por su vejez, no puede derrotar a los dos Hokages, ya que cualquier daño que les hacía, se regeneraba al momento. Cuando su hermano usa un genjutsu, que provoca una total oscuridad (en el anime, Tobirama es quién realiza la técnica), ataca a Hiruzen, cuerpo a cuerpo, mientras Orochimaru se burla de su maestro. Finalmente, un clon de Hiruzen consigue agarrarle, para usar la técnica del Sello Mortal de la Parca, y su alma, junto con la de su hermano, fueron selladas. Antes de que su alma fuera eliminada por completo, él y su hermano pidieron disculpas a su ex-alumno por las molestias que le habían causado.